Algunas de las funciones generales de los TMS son: planear y optimizar el transporte, seleccionar al proveedor para el tipo de transporte o equipo adecuado, rastreo de embarques en tiempo real (con la ayuda de otras aplicaciones), optimización de carga de acuerdo con la ruta y capacidad del equipo, simulación de costo y tiempo de embarques, validación de facturas, emisión de reportes y estadísticas.